منظور از ذکر یونسی، عبارت «لا إلهَ إلّا أنتَ سبحانَکَ إنّی کُنتُ مِنَ الظالمین» می‌باشد که در قرآن کریم و در رابطه با حضرت یونس(ع) آمده است: «و ذاالنون إذ ذهب مغاضباً فظنّ أن لن نقدر علیه فنادی فی الظلمات أن لا إله إلا أنت سبحانک إنی کنت من الظالمین فاستجبنا له و نجّیناه من الغمّ و کذلک ننجی المؤمنین؛

و یاد کن صاحب داستان ماهی را آن‌گاه که خشمگین، روانه شد و پنداشت که بر او تنگ نخواهیم گرفت، پس گرفتار در تاریکی‌ها ندا داد: هیچ خدایی جز تو نیست، بر پاکی‌ات ستایش، من از ستمکاران بودم. این شد که خواهش او را بر آوردیم و از اندوه، نجات‌ش دادیم و مؤمنان را این‌چنین، نجات می‌دهیم» (سورة الأنبیاء آیة87-88)

روشن است که تعبیر «مؤمنان را این‌چنین، نجات می‌دهیم» تعبیری عامّ است و حالت استمرار و قابلیت تکرار دارد. از سوی دیگر، در روایتی وارد شده که حضرت صادق(ع) فرمود: «عجبت لمن اغتمّ کیف لا یفزع إلى قوله تعالى لا إله إلا أنت سبحانک إنی کنت من الظالمین فإنی سمعت الله عزوجل یقول بعقبها فاستجبنا له و نجیناه من الغم و کذلک ننجی المؤمنین؛

در شگفتم از کسی که اندوهگین شده است، چطور به این گفتار خداوند تعالی، پناه نمی‌برد که: لا إله إلا أنت سبحانک إنی کنت من الظالمین. چرا که شنیدم خداوند عزوجل، در پس این کلام، می‌فرماید: این شد که خواهش او را بر آوردیم و از اندوه، نجات‌ش دادیم و مؤمنان را این‌چنین، نجات می‌دهیم» (الفقیه ج4 ص280)

همچنین در روایت دیگری وارد شده: «للغمّ و الهمّ لا إله إلا أنت سبحانک إنّی کنت من الظالمین‏؛ ذکر یونسی برای اندوه‌ناکی و پریشان‌فکری است» (التهذیب ج6 ص171) علی‌هذا تکرار فراوان این ذکر شریف، با توجه به معنا و بدون تقید به تعداد معین، به غم‌زدگان توصیه می‌شود.